本所創立於民國38年8月28日，位於本區中山路92號。

民國39年12月1日：首任主任許有權醫師就任，開設門診部，辦理衛生行政。 民國40年4月22日：成立保健協會，以戶長為委員徵收會費，協助工作推廣。民國41年4月22日：廢止保健協會，業務改為衛生委員會。

民國50年7月1日：改隸清水鎮公所。

民國63年7月1日：改隸台中縣衛生局。

民國70年7月1日：增設高美及海風衛生室，服務偏遠民眾以普及公共衛生。

民國78年7月1日：組織社區衛生促進委員會，協助推廣公共衛生業務。

民國80年7月1日：增社群醫醫療執業中心，協助偏遠地區巡迴醫療。

民國81年7月1日：實施綜合保健業務，提昇服務品質。

民國83年7月1日：醫療門診電腦化作業。

民國84年3月1日：配合全民健保實施作業。

民國85年：衛生署建置電腦PHIS系統，本所全面電腦化處理資料以提升行政效率。

民國93年9月1日：完成空間規劃

民國99年12月25日：因台中縣市合併改為清水區衛生所

民國112年7月10日：衛生所重建正式揭牌啟用